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主要内容

翻译的阶段

深入了解多肽(蛋白质)是如何形成的。起始、延伸和终止。

介绍

想知道抗生素是如何杀死细菌的--例如,当你感染了鼻窦炎时? 不同的抗生素工作原理不同,但有些是通过攻击细菌中的一个非常基本的过程:摧毁其合成蛋白质的能力。
用分子生物学的词汇来描述,这些抗生素阻断了(蛋白质的)翻译。在翻译的过程中,细胞从信使RNA(mRNA)上读取信息并据此合成蛋白。在一个正常的细菌细胞中,就像人体内的大多数细胞一样,翻译会持续不断地发生,这也是保持人(以及入侵的细菌)存活的重要因素。
当你服用某些抗生素(例如,红霉素)时,药物分子会结合在细菌内重要的参与翻译的分子上并抑制它们。因为不能继续合成蛋白,细菌的各项功能不能正常运行并最终死亡。这就是为什么在服用抗生素之后感染被清除。
细胞需要翻译以存活,而了解它的机制(从而可以通过抗生素抑制)可以帮助我们对抗细菌感染。让我们从第一步到最后合成蛋白,进一步了解翻译是如何发生的。

翻译:概述

翻译包括“解码”信使RNA(mRNA)并基于此合成一个多肽,或者是氨基酸链。大多数情况下,一个多肽基本就是一个蛋白(有些大蛋白由几条多肽链构成)。

遗传密码

在mRNA中,构建多肽的模板是由每三个一组的核苷酸构成,被称为密码子。以下是随着学习我们要记住的密码子的一些重要特征。
  • 一共有61个不同的密码子编码氨基酸
  • 3个“终止”密码子标记多肽链的终点
  • 密码子AUG,是标记翻译“开始”的信号(它也编码甲硫氨酸)。
mRNA密码子与氨基酸之间的关系被称为 遗传密码 (你可以通过这篇文章了解更多 遗传密码 )。

密码子转换成氨基酸

在翻译过程中,mRNA的密码子由被称为转运RNAstRNAs(从5‘到3’的方向)定向阅读。
每个tRNA都有一个反密码子,是三个一组的核苷酸,与相对应的mRNA密码子通过碱基配对结合。
图片来自 "Translation: Figure 3," 由 OpenStax College, Biology (CC BY 4.0).
tRNA与mRNA结合在一个由蛋白质和RNA组成的结构,核糖体里。当tRNA进入核糖体里的位点并与密码子结合时,上面的氨基酸会和延长的多肽链通过化学反应连接。结果就是合成一条氨基酸的序列与mRNA的密码子对应的多肽链
这就是翻译的大致过程。那么翻译具体是如何发生,延续和结束的呢?让我们看一看吧。

翻译:起始,延长及终止

一本书或电影一般有三个基本部分:开头,中间及结尾。翻译有类似的3个部分,但它们有更特别的名字:起始,延长及终止。
  • 起始 (“开头”):在这个阶段,核糖体与mRNA及第一个tRNA结合在一起,然后翻译就可以开始了。
  • 延长 (“中间”):在这个阶段,氨基酸被tRNA带到核糖体并连接在一起形成一条多肽链。
  • 终止 (“结尾”):在最后阶段,已合成的多肽被释放到细胞中行使它的功能。
让我们更进一步看看每一阶段的具体机制。

起始

我们需要一些关键的部分以开始翻译。它们包括:
  • 核糖体(有两部分,大亚基和小亚基)
  • 含有蛋白模板信息的mRNA
  • 一个携带蛋白第一个氨基酸的“起始”tRNA,通常是甲硫氨酸(Met)
在起始阶段,这些部分必须以正确的方式结合在一起。它们一起形成起始复合物,是开始合成新蛋白需要的分子体系。
在你的细胞(及其它真核细胞)里,翻译的起始为:首先携带甲硫氨酸的tRNA结合到核糖体的小亚基。它们一起通过识别5’GTP帽(在细胞核的加工过程加上的)结合在mRNA的5‘端。然后,它们向mRNA的3‘端移动,在遇到起始密码子(第一个通常但并总是AUG)时停下来。6
图片参考自 Berg et al.1
在细菌中,情况略有不同。在细菌里,核糖体的小亚基不从mRNA的5’端开始并向3‘端移动。相反,它直接结合在mRNA上的特定序列上。这些Shine-Dalgarno序列(SD序列)就位于起始密码子前并指向核糖体。
细菌用N-甲酰甲硫氨酸(fMet,一种化学修饰的甲硫氨酸)作为第一个氨基酸。
为什么要用Shine-Dalgarno序列呢? 细菌的基因通常成组转录(称为 操纵子),所以一个细菌的mRNA可以包含几个基因的编码序列。一个Shine-Dalgarno 序列标志着每个编码序列的起始,使得核糖体可以找到每个基因的正确的起始密码子。

延伸

我通过字面意思来记住翻译”中间“阶段的机制:延伸即多肽链变得更。(elongation,意为延伸,延长;"long",长)
那么这条链是如何变长的呢?让我们先来看看延伸的第一轮--即在起始复合物形成之后但在任何氨基酸被连接到链上之前。
我们的第一个,携带甲硫氨酸的tRNA从核糖体中间的一个位置,即P位开始。然后一个新的密码子在另一个位点被暴露出来,即A位。A位将是下一个tRNA”进位“的位点,它的反密码子恰好与暴露的密码子互补。
当对应的tRNA进入A位,即时延伸开始:意为形成连接氨基酸的肽键。这一步把甲硫氨酸从第一个tRNA转移到在A位的第二个tRNA的氨基酸上。
还不错--我们现在有两个氨基酸,一个(非常小)的多肽!甲硫氨酸形成了多肽的N端,另一个氨基酸为C端
但是...我们可能需要比两个氨基酸更长的多肽。那么多肽链是如何继续延长的呢?一旦肽键形成,mRNA会被核糖体向前移动一个密码子。这个位移使得第一个空tRNA通过E位(”释放位点“)离开。它同时还在A位暴露出一个新的密码子,因此整个循环可以重复。
然后循环不断重复...从几次到难以想象的 33,000 次! 在肌肉里的肌联蛋白是已知的最长的多肽,有多达 33,000 个氨基酸8,9

终止

多肽,像所有好东西一样,最终必须有一个终点。翻译在被称为终止的过程中结束。终止发生在mRNA的一个终止密码子(UAA,UAG,或UGA)进入A位时。
终止密码子被称为释放因子的蛋白识别,它们可结合到P位上(尽管它们不是tRNA)。释放因子会干扰通常形成肽键的酶:它们使其添加一个水分子到链上的最后一个氨基酸上。这个反应使得肽链与tRNA分离且新生成的蛋白被释放。
下一步呢?幸运的是,参与翻译的各部分可重复使用。在核糖体的大小亚基从mRNA上各自分离后,每个部分会(通常非常迅速的)参与到新一轮的翻译中。

尾声:加工修饰

我们的多肽现在具有所有氨基酸——这是否意味着它已经准备好在细胞中完成其工作了?
并不一定。多肽通常需要一些”编辑“。在翻译中及翻译后,氨基酸可能会被化学改变或移除。新的多肽还会折叠成一个独特的3D结构,并有可能和其它多肽链一起形成一个有多个部分的蛋白。
许多蛋白可以自行折叠,但有些需要辅助(“分子伴侣”)以帮助它们不会在复杂的折叠过程中错误地叠在一起。
一些蛋白还有特殊的氨基酸序列将其输送到细胞内的特定部分。这些序列,通常位于靠近N端或C端的地方,可以把它想象成运送蛋白质到其终点的”车票“。更多关于这方面的机制,请阅读靶向蛋白.

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