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主要内容

聚合酶链反应(PCR)

一种用于扩增或复制DNA的特定靶区的技术。

要点:

  • 聚合酶链式反应,或PCR,是一种在 体外 (在试管中而不是在生物体内)制备特定DNA区域的很多复制体的技术。
  • PCR依赖于一种热稳定的DNA聚合酶 Taq 聚合酶,并且需要专门针对目的DNA区域设计的DNA 引物
  • 在PCR中,反应通过一系列重复循环的温度变化,这允许产生目的区域的许多复制。
  • PCR具有许多研究和实际的应用。它通常用于DNA克隆,医学诊断和DNA的法医分析。

什么是PCR?

聚合酶链式反应PCR)是一种常用的实验室技术,它被用于制作一段特定DNA区域的许多副本(数百万或数十亿!)。这个DNA区域可以是实验者感兴趣的任何片段。例如,它可能是研究人员想要理解的基因,或者是法医学家用来将犯罪现场DNA与嫌疑人相匹配的基因标记。
通常,PCR的目标是制备足够的目标DNA区域,使其可以以其他方式分析或使用。例如,通过PCR扩增的DNA可以被送去测序,通过凝胶电泳实现可视化,或克隆到质粒中用于进一步的实验。
PCR被用于生物学和医学的许多领域,包括分子生物学研究,医学诊断,甚至生态学的一些分支。

Taq 聚合酶

就如生物体内的DNA复制,PCR需要一个DNA聚合酶。它使用现有的链作为模板来产生新的DNA链。通常用于PCR的DNA聚合酶以分离它的耐热细菌(水生栖热菌 Thermus aquaticus)命名,被称为 Taq 聚合酶
水生栖热菌 生活在温泉和深海热泉中。它的DNA聚合酶有高热稳定性,并在 70°C 左右最活跃(人体或 E. coli DNA聚合酶无法正常工作的温度)。这种热稳定性使Taq聚合酶成为PCR的理想选择。正如我们将要看到的,PCR反复使用高温来使模板DNA 变性 ,即分离双链。

PCR引物

和其他DNA聚合酶一样,Taq 聚合酶只有在给出 引物 的情况下才能制造DNA。引物是一个短核苷酸序列,它为DNA合成提供了一个起点。在PCR反应中,实验者通过其选择的引物来决定将被复制或扩增的DNA区域。
PCR引物是一小段单链DNA,通常长约 20 个核苷酸。在每个PCR反应中使用两个引物,并且它们被设计成位于其目标区域(应该复制的区域)的侧边。也就是说,它们的序列使它们与模板DNA的相反链结合,就在要复制的区域的边缘。引物通过互补碱基配对与模板结合。
模板DNA:
5' TATCAGATCCATGGAGT...GAGTACTAGTCCTATGAGT 3' 3' ATAGTCTAGGTACCTCA...CTCATGATCAGGATACTCA 5'
引物1: 5' CAGATCCATGG 3' 引物 2:
当引物与模板结合时,它们可以被聚合酶延伸,而位于它们之间的区域将被复制。

PCR 的步骤

PCR反应的关键成分是 Taq 聚合酶,引物,模板DNA和核苷酸(DNA构建模块)。将这些成分与酶所需的辅助因子一起装在管中,并通过重复的加热和冷却循环,从而使DNA合成。
基本步骤是:
  1. 变性 (96°C): 强烈的加热反应以分离或变性DNA链。这为下一步提供了单链的模板。
  2. 退火 (55 - 65°C): 冷却反应,使引物可以与单链模板DNA上的互补序列结合。
  3. 延伸 (72°C): 升高反应温度,使 Taq 聚合酶延长引物,合成新的DNA链。
在一个典型的PCR反应中,这个循环重复 25 - 35 次,通常耗时 2 - 4 小时,取决于复制的DNA区域的长度。如果反应有效(运转良好),目标区域可以从一个或几个副本变为数十亿个。
那是因为每次反应中,不仅仅初始的DNA会被用作模板。相反,在一轮中制造的新DNA可以作为下一轮DNA合成的模板。有许多复制的引物和许多 Taq 聚合酶分子在反应中漂浮,因此每轮循环中DNA分子的数量大致可以翻倍。这种指数增长模式如下图所示。

使用凝胶电泳可视化PCR的结果

PCR反应的结合通常经过凝胶电泳来实现可视化。凝胶电泳 是一种通过电流将DNA片段拉过凝胶基质的技术,它根据大小分离DNA片段。它通常包括一条标准带,即DNA梯,以便可以确定PCR样品中片段的大小。
相同长度的DNA片段在凝胶上形成“带”,若凝胶被DNA结合染料染色了,它就可以通过眼睛看到。 例如,PCR反应产生的400 碱基对(bp)片段在凝胶上看起来就像这样:
左道:具有100,200,300,400,500bp带的DNA梯。
右道:PCR反应的结果,一条400bp的DNA带。
DNA带包含非常多目标DNA区域的拷贝,而不仅仅是一个或几个的复制体。因为DNA是微观的,所以必须存在大量的副本我们才能通过眼睛看到。这是PCR成为一个重要工具的主要原因:它能产生足够的DNA序列副本以至于我们可以看到或操纵那个DNA区域。

PCR的应用

使用PCR,DNA序列可以扩增数百或数十亿次,产生足够的DNA拷贝以便使用其他技术进行分析。例如,DNA可以通过凝胶电泳显现,可被用于测序,或用限制性内切酶消化并克隆到质粒中。
PCR被用于许多研究实验室,并在法医学,基因检测和诊断方面也有实际应用。例如,PCR用于从患者的DNA中(或在产前检测的情况下从胎儿DNA中)扩增与遗传疾病相关的基因。 PCR还可用于测试患者体内的细菌或DNA病毒:如果存在病原体,则可以从血液或组织样品中扩增其DNA区域。

样题:法医学中的PCR

假设你在法医实验室工作。你刚从犯罪现场留下的头发中得到了DNA样本,以及来自三个可能的嫌疑人的DNA样本。你的工作是检查一个特定的遗传标记,看看三个嫌疑人中是否有人的这个标记与头发DNA的相匹配。
该标记有两个等位基因,或版本。一个包含单个重复(下面的棕色区域),而另一个包含重复的两个拷贝。在使用位于重复区域侧边的引物的PCR反应中,第一个等位基因产生一个 200 bp的DNA片段,而第二个等位基因产生一个300 bp的DNA片段:
标记等位基因1:位于重复区域两侧的引物扩增一个200bp的DNA片段
标记等位基因2:位于重复区域两侧的引物扩增一个300bp的DNA片段
如下所示,你在四份DNA样品上执行 PCR,并通过凝胶电泳观察结果:
凝胶有5个泳道:
第一道:具有100, 200, 300, 400和500bp带的DNA梯。
第二道:来自犯罪现场的DNA,200bp带
第三道:嫌疑人#1的DNA,300bp带
第四道:嫌疑人#2的DNA,200和300bp带
第五道:嫌疑人#3的DNA,200bp带
哪个嫌疑人的DNA与这个标记的犯罪现场的DNA匹配?
选出正确答案:

更多有关PCR和法医学的信息

在真实的对于来自犯罪现场DNA的法医检验中,技术人员将进行一个在概念上类似于上述示例中的分析。然而,在犯罪现场DNA和嫌疑人的DNA之间将比较许多不同的标记(不仅仅是示例中的单个标记)。
此外,典型的法医分析中使用的标记不仅仅有两种不同的形式。相反,它们是高度多态 = 许多不同, = 形态)。也就是说,它们有许多长度变化很小的等位基因。
法医学中最常用的标记物类型,称为短串联重复序列(short tandem repeats,STRs),由相同短核苷酸序列(通常为2个到5个核苷酸长)的许多重复拷贝组成。 STR的一个等位基因可能有 20个重复,而另一个可能有 18个,或只有 101
通过检查多种标记,每种标记都有许多等位基因形式,法医科学家可以从DNA样本中建立一种独特的遗传“指纹”。在使用13个标记的典型STR分析中,假阳性的可能性(两个人具有相同的DNA“指纹”)低于100 亿1 1
虽然我们可能会认为DNA证据是被用来对罪犯进行定罪,但它在豁免被诬告的被告人(包括一些被判入狱多年的人)方面发挥了至关重要的作用。法医分析还用于建立亲子关系并从灾难现场中识别人类遗骸。

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